“也许有什么派得上用场的仪器，这间公司不是有一堆先进的东东吗！”
小霞有些无奈的跟着赤红一起检查这一些东西,她猜测也许有某个仪器干扰了发信装置的运作，让他们找不到那一位城龙刑警，结果意外的发现某个小霞认识的仪器。
“这不是化石修复装置吗！”
“什么进化石？”
“化。石。修。复。装。置！赤红你忘记你搞坏的东西了吗！害本小姐造成了巨大的损失，你一直没有赔给我啊！！！”
“痛痛痛，别再拉我耳朵了！”
化石修复装置的外观相当魔幻，像是把电脑、电冰箱、透明水槽和巨大绞肉机装在了一起，比起说是高科技装置，更像是会在食品加工厂中会出现的仪器，类似全自动香肠制造机之类的物品。
小霞会和赤红、小刚两人一起旅行，起因不是像是宝可梦动画版那样，皮卡丘电爆了小霞的脚踏车，愤怒的小霞向赤红索要赔偿，而是因为远古宝可梦的化石。
在尼比市和华蓝市之间隔着一座月见山，这一座山脉除了出产稀有的“月之石”进化石，还有挖掘出远古宝可梦的化石,其中的发现的贝壳化石、甲壳化石，被学者们证明是古代的水系宝可梦，给地质研究者们带来巨大的震撼，高耸的月见山过去似乎是沉在海底下，关都地区在远古时期并不存在。
为了证明这一系列的发现,宝可梦学者开始了复苏化石宝可梦的工作，开发出了一套特殊的仪器，从化石中提取宝可梦的基因情报，让这一些远古的水系宝可梦可以在现代重现。..
在关东地区中，尼比市的科学博物馆、红莲岛上的红莲研究所,这两座设施有着复苏化石宝可梦的技术和相关的装置。
小霞多次进出月见山的地底探险，最终获得了几块状况良好的化石，准备利用尼比市的科学博物馆来复苏宝可梦，想要获得稀奇的水系同伴，结果这一个计划已久的愿望，被来到尼比市挑战道馆的赤红给严重破坏了。
初出茅庐的赤红在前往尼比市的旅途中，意外的惊扰了烈雀的领域，烈雀是和大针蜂并列的新人训练家杀手，经验不足的训练家往往会因为这两种宝可梦而吃大亏。
赤红和同伴们被大量的烈雀们追逐，最后是依靠皮卡丘在雷雨的环境中，接引了大自然的落雷，使用出超乎寻常的电系招式，才终于将执着的烈雀群成功驱赶走。
但是吸收了过量的电力，让皮卡丘处于一种电气疾病的状态，表面上会让皮卡丘的电系招式增幅出超越等级的效果，长时间下来会对宝可梦会产生严重的问题。
只是天真的赤红没有注意到这一个问题，挑战道馆心切的他没有在宝可梦中心好好进行检查，就急匆匆去了尼比道馆，之后的事情之前也有提过了，迷失在道馆首领身份的小刚，同样没有注意到皮卡丘的问题，导致了尼比道馆的大破坏。
皮卡丘的电击可以说将整个尼比道馆给轰炸了一遍，小刚的大岩蛇不是败在电击上，而是电击造成的冲击波，地面系免疫电系攻击是宝可梦世界的基础，但是除此之外的物理现象还是无法幸免。
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